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• Julien THÉZÉ (Cf. Page personnelle)
• Guillaume FOURNIÉ (Cf. Page personnelle)

Mots-clés

Échantillonnage génomique, Coronavirus 2 du syndrome respiratoire sévère (SRAS-CoV-2), Dynamique de transmission, Première vague épidémique, Gujarat, Inde, Diversité génétique, Propagation spatiale, Connectivité mondiale, Voyages internationaux, Densité de population

Résumé

 L’échantillonnage génomique limité dans de nombreux pays à forte incidence a entravé les études sur l’épidémiologie génomique du coronavirus 2 du syndrome respiratoire sévère (SRAS-CoV-2). Par conséquent, des questions cruciales demeurent quant à la génération et à la distribution mondiale de la diversité génétique du virus. Nous avons étudié la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 au Gujarat, en Inde, lors de la première vague épidémique de l’État, afin de faire la lumière sur la propagation du virus dans l’une des régions les plus durement touchées par la pandémie. En intégrant des données de cas et 434 séquences de génomes entiers échantillonnées dans 20 districts, nous avons reconstitué la dynamique épidémique et la propagation spatiale du SRAS-CoV-2 au Gujarat. Nos résultats indiquent que la connectivité mondiale et régionale et la densité de population ont été les principaux moteurs de l’épidémie du Gujarat. Nous avons détecté > 100 introductions de lignées virales, dont la plupart semblent être associées à des voyages internationaux. Au Gujarat, la propagation du virus s’est produite principalement à partir de régions densément peuplées vers des endroits géographiquement proches qui avaient une faible densité de population, ce qui suggère que les centres urbains ont contribué de manière disproportionnée à la propagation du virus.

Contexte et enjeux

Dans cette étude, nous avons étudié l’introduction et la transmission du SRAS-CoV-2 au Gujarat pendant la première vague de l’épidémie de COVID-19 en Inde en utilisant une combinaison de données épidémiologiques et génomiques. Nos analyses nous ont permis de caractériser les dynamiques épidémiques des lignées du SRAS-CoV-2, évalué les principaux facteurs d’importation et de transmission du virus et estimé si des changements majeurs dans les mouvements humains (c’est-à-dire en raison du confinement et du transport des travailleurs migrants) ont façonné la dynamique de transmission du virus au Gujarat. Notre étude démontre les limites des données actuelles et souligne la nécessité d’investir davantage dans la surveillance génomique et la collecte de données sur la mobilité humaine pour soutenir des enquêtes approfondies sur les origines et la diffusion des futures épidémies virales.

Résultats

Dans l’ensemble, nos résultats indiquent que les lignées virales se déplaçaient plus intensément entre les districts géographiquement plus proches (facteur Bayes >100) et principalement entre les districts qui avaient une densité de population plus élevée que les districts qui avaient une densité de population plus faible (facteur Bayes 40). Avec les données épidémiologiques, ces résultats suggèrent que le mouvement des lignées virales était concentré dans les exportations des centres urbains, qui avaient des taux de cas et des densités de population plus élevés, vers les districts voisins. Ces mouvements ont contribué à la propagation du SARS-CoV-2 au Gujarat.

Perspectives

Bien que notre période d’étude ait précédé la détection, l’émergence et la propagation internationale du variant Delta (lignée Pango B.1.617.2) en 2021, les résultats de notre étude sur la dynamique de transmission du SRAS-CoV-2 donnent un aperçu de la façon dont ces virus se sont propagés en Inde et par la suite dans le monde entier. Nous montrons le rôle de la connectivité internationale et de la démographie intrarégionale dans la dynamique des lignées virales en Inde, et nous soulignons les limites de l’étude du mouvement et de l’origine des virus en raison de la surveillance génomique relativement faible dans cette région. Tous ces facteurs devront être pris en considération dans le cadre de l’évaluation de l’émergence et du contrôle des variants du SRAS-CoV-2.

Illustration

A) Cartes des facteurs prédictifs de la transmission du SRAS-CoV-2, Gujarat, Inde (nombre de cas (gauche), taille de la population (milieu) et densité de population (droite)) pris en compte, avec la distance géographique, dans l’analyse phylogéographique.

B) Distribution des échantillons des 7 plus grandes lignées de transmission. Les rectangles indiquent la plage de dates des échantillons du Gujarat pour chaque lignée. Le nombre total d'échantillons et la durée de chaque lignée sont indiqués à droite.

C) Effet des facteurs prédictifs dans la dynamique de transmission du SARS-CoV-2 au Gujarat. La contribution de chaque facteur est indiquée par la valeur moyenne du coefficient (points) et l'intervalle de densité postérieure le plus élevé à 95 % (barres horizontales).