Xavier BAILLY

OrcId 0000-0001-6959-7974 
IdHal xavier-bailly 
ResearcherID C-6254-2011
E-mail xavier.bailly [at] inrae.fr

Profil

Xavier Bailly est ingénieur de recherche INRAE, habilité à diriger des recherches, et directeur depuis 2018 de l’UMR EPIA, unité mixte INRAE–VetAgro Sup consacrée à l’épidémiologie des maladies animales et zoonotiques. Ses travaux visent à comprendre et anticiper la circulation et l’évolution des agents pathogènes dans des populations d’hôtes, des communautés d’espèces ou des territoires structurés. Il combine génomique des agents pathogènes, phylodynamique, épidémiologie spatiale, données de surveillance et modèles quantitatifs. Ses développements actuels portent notamment sur l’intégration de modèles mécanistes et d’approches d’intelligence artificielle afin d’améliorer l’inférence, la détection précoce des émergences et l’aide à la décision sanitaire.
 

 Axes scientifiques

• Épidémiologie génomique et phylodynamique des agents pathogènes animaux et zoonotiques.
• Dynamiques de transmission multi-hôtes dans les territoires et les réseaux d’élevages.
• Intégration de données génomiques, épidémiologiques, spatiales, environnementales et de surveillance.
• Inférence par simulation et approches hybrides associant IA et épidémiologie.
• Applications à différentes maladies animales et zoonotiques, notamment BVD, FCO et MHE, fièvre Q, borréliose de Lyme.

Épidémiologie génomique · Maladies animales et zoonotiques · Phylodynamique · Épidémiologie spatiale · Surveillance · Inférence et IA

Participation à des projets et initiatives collaboratives

• GeoAI4EI – GeoAI Toolbox for Epidemic Intelligence : contribution au développement d’approches d’intelligence artificielle géospatiale et d’inférence intégrant données épidémiologiques, environnementales et de surveillance pour renforcer l’anticipation des émergences et la préparation aux crises sanitaires. Le projet prolonge les développements du projet européen MOOD.
• AVEEC – Adaptation des agents pathogènes aux changements globaux : contribution à l’étude des effets des transformations climatiques, environnementales et agroécologiques sur l’évolution et la transmission des agents pathogènes des élevages, notamment les virus de la FCO et de la MHE.
• PREZODE – Preventing Zoonotic Disease Emergence : contribution à cette initiative internationale visant à renforcer la prévention des émergences zoonotiques par des approches One Health associant recherche, surveillance, acteurs de terrain et politiques publiques, notamment dans le cadre du projet HODAS.
• Q-Net-Assess : contribution à la caractérisation de la diversité génomique de Coxiella burnetii et à l’évaluation des relations entre génotypes, espèces hôtes, territoires et risque zoonotique.
• CiTIQUE : contribution à l’exploitation de données issues des sciences participatives pour étudier la distribution des piqûres de tiques, les agents pathogènes transmis et les déterminants territoriaux du risque, notamment pour les génoespèces de Borrelia.

Recherche, surveillance et décision

En tant que directeur d’EPIA, il contribue à structurer une capacité collective reliant observation de terrain, surveillance, génomique, écologie, modélisation et intelligence artificielle. L’unité collabore étroitement avec la Plateforme nationale d’épidémiosurveillance en santé animale (Plateforme ESA), dont une partie de l’équipe de coordination et d’ingénierie est accueillie au sein d’EPIA. Ces collaborations permettent de développer des méthodes, des outils et des résultats répondant aux besoins des acteurs de terrain et de la décision sanitaire.

Enseignement et encadrement

Il enseigne notamment l’épidémiologie génomique et la phylodynamique dans des formations universitaires, et encadre des travaux à l’interface entre évolution des agents pathogènes, transmission, analyse spatiale, et modélisation.

Travaux récents

• Spatio-temporal distribution and international context of bovine viral diarrhoea virus genetic diversity in France - Veterinary Research, 2024. DOI: 10.1186/s13567-024-01377-9
• Genome-wide phylodynamic approach reveals the epidemic dynamics of the main Mycoplasma bovis subtype circulating in France - Microbial Genomics, 2023. DOI: 10.1099/mgen.0.001067
• Spatial modeling of Borrelia genospecies in human-biting ticks from the French citizen science programme CiTIQUE - Scientific Reports, 2026. DOI: 10.1038/s41598-026-42619-4
• Simulation-based inference of epidemiological and phylodynamic models via Neural Posterior Estimation - Proc. R. Soc. B, 2026. DOI: 10.1098/rspb.2026.1059
• PREZODE: a global co-designed collaboration for preventing zoonotic emergence - Nature Health, 2026. DOI: 10.1038/s44360-026-00103-3

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