Stage

Référence de l'offre

Durée : de 5 à 6 mois
Début du contrat : 05/01/2026
Rémunération : 4.35€ par heure de présence effective
N° de l'offre : OT-27463
Date limite : 31/10/2025

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l’Unité Epidémiologie des maladies animales et zoonotiques (UMR EPIA) du Centre de Recherche INRAE Clermont Auvergne-Rhône-Alpes situé à Saint-Genès-Champanelle (63122).

Votre mission consistera à étudier la biodiversité des bactéries détectées par une analyse en bio-informatique.

Contexte : Ces dernières décennies, la distribution de la tique Ixodes ricinus s’est étendue en Europe en latitude vers le nord et en altitude. Le cycle de vie de cette tique comprend trois stades : larve, nymphe, adulte, avec un repas sanguin sur un hôte vertébré pour passer d’un stade à l’autre. Lors du repas, la tique peut s’infecter sur un hôte qui est infecté par un agent pathogène, elle reste infectée au stade suivant et peut infecter un nouvel hôte au repas suivant. I. ricinus peut transmettre Borrelia, agent pathogène responsable de la maladie de Lyme chez l’humain. Dans les Pyrénées, la prévalence dans les tiques de Borrelia burgdorferi sensu lato (sl) étaient de 8,4% (Akl et al. 2019). Chez l’humain, le nombre de nouveaux cas de borréliose de Lyme par an a été estimé en France à 39 052 en 2023 (Réseau sentinelles 2024).

Le complexe bactérien de B. burgdorferi sl comprend en Europe neuf géno-espèces, dont cinq sont confirmées pour la pathogénicité humaine (Borrelia afzelii, Borrelia garinii, Borrelia burgdorferi sensu stricto (ss), Borrelia bavariensis, Borrelia spielmanii) (Steinbrink et al. 2022). Les espèces de Borrelia en Europe ont une forte spécificité d’hôtes. Les principaux réservoirs de B. afzelii, B. bavariensis et B. spielmanii sont des petits mammifères (rongeurs, …), ceux de B. garinii et B. valaisiana sont les oiseaux. Les espèces de Borrelia sont également associées à différente manifestations cliniques de la maladie de Lyme chez l’humain avec des degrés de sévérité variés.

Le projet GENAspe a pour objectif d’étudier la diversité génétique des bactéries du genre Borrelia vectorisée par la tique I. ricinus, tiques qui ont été collectées dans la vallée d’Aspe (Pyrénées-Atlantiques) selon un gradient altitudinal et saisonnier. Ce projet s’insère dans un projet plus vaste, EPPAT (Etude Participative Pluridimensionnelle dans la Vallée d'Aspe sur le vecteur Tique) qui s’inscrit dans une démarche One Health. EPPAT aborde deux axes : les changements climatiques avec la problématique du réchauffement dans les Pyrénées et l’évolution du rapport entre les usagers de la montagne et la tique. Dans ce premier axe, des tiques ont été collectées dans la vallée d’Aspe à 3 altitudes différentes et mensuellement pendant 3 années (2023-2025). La détection des Borrelia spp. puis leur identification au niveau espèce seront réalisées en 2025 et début 2026.

Objectif : Le projet GENAspe comprend deux volets : le premier sur la détection des pathogènes puis leur génotypage, le deuxième sur l’étude de la biodiversité des bactéries détectées par une analyse en bio-informatique. Le stage s’insère dans le second volet. Le projet GENAspe est un projet financé par l’Office Français de la Biodiversité.

Vous serez plus particulièrement en charge :

1. D’explorer la diversité génétique de Borrelia burgdorferi sl à partir des données issues du séquençage haut débit par MLST. Les séquences types présentes dans le jeu de données seront préparées à l’aide d’outils de bio-informatique puis comparées à des séquences de référence disponibles dans la base de données PubMLST/NCBI. Une reconstruction phylogénétique sera réalisée selon une méthode déployée pour Borrelia dans l’UMR EPIA. Elle permettra de visualiser les relations phylogénétiques et d’évaluer la diversité génétique des espèces étudiées ;
2. D’étudier les compositions en séquences types issues des souches de Borrelia des différents sites de collectes pour identifier de potentielles différences altitudinales et temporelles. En s’appuyant sur les résultats obtenus, des hypothèses pourront être proposées sur l’existence de relations hôtes/pathogènes, sur les types d’hôtes impliqués comme réservoirs dans la vallée (oiseaux ou rongeurs par exemple). Les images des communautés d’hôtes données par la composition en séquences types de pathogènes seront mises en relation avec l’occupation constatée des sites.

L’étude de la diversité génétique du pathogène apportera des informations sur le rôle que jouent les caractéristiques environnementales (sites, altitudes, habitats, hôtes) et saisonnières sur la distribution des pathogènes. Etudier cette diversité permettra également d’avoir une première idée de son importance sur le plan médical pour Borrelia.

Informations complémentaires :

L’UMR EPIA étudie l’épidémiologie des maladies infectieuses dans les populations animales (dont certaines transmissibles à l’homme), en relation avec les processus écologiques et évolutifs, dans le contexte de changement global. Le stage est à l’interface entre deux thèmes de l’unité, l’un (1) sur les questions de santé et changement global et l’autre (2) sur l’épidémiologie, écologie et évolution des agents pathogènes animaux et zoonotiques.

Les encadrants : Isabelle Lebert (Ingénieure de recherche responsable scientifique du projet) travaille sur les déterminants expliquant la présence et l’activité de la tique I. ricinus et de la prévalence de B. burgdorferi sl dans les tiques. Aminah Keliet (Ingénieure d’Etude, bio-informaticienne en génomique) sera co-encadrante du stage. Au sein d’EPIA, Xavier Bailly (Directeur d’Unité, épidémiologiste moléculaire) et Julien Thézé (Chargé de Recherches, épidémiologiste moléculaire) travaillent en génomique et évolution des agents pathogènes zoonotiques.

Formations et compétences recherchées

• Licence/Master (Bac+3/5)
• Formation recommandée : Etudiant en Master 2 en bio-informatique moléculaire, génomique, écologie et évolution
• Connaissances souhaitées : connaissances en bio-informatique moléculaire, génomique, écologie et évolution
• Expérience appréciée : en gestion et analyse de données, bases de données, connaissance de logiciels en génomique, en phylogénétique
• Aptitudes recherchées : rigueur, curiosité, capacité de travail en équipe, capacité de lecture et de rédaction scientifique en anglais   

Personnes à contacter

• Isabelle LEBERT - Cf.Page Personnelle - isabelle.lebert@inrae.fr
• Aminah KELIET - Cf. Page Personnelle - aminah.keliet@inrae.fr