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29 septembre 2025

Rédaction : EPIA COM

Nouvel article scientifique

Félicitations à Nolwenn Blache pour ce nouvel article de thèse Comprendre le typhus des broussailles en Thaïlande : une étude menée sur 17 ans dans la province de Nan révèle que les changements de végétation influencent la propagation du typhus des broussailles. Les zones broussailleuses, les mosaïques forestières ainsi que les nouvelles forêts issues de reforestations récentes favorisent le nombre de cas de typhus des broussailles. Les forêts stables, elles, n’ont pas d’effet significatif sur le nombre de cas. Ce travail souligne l’importance de l’environnement dans la lutte contre les maladies négligées. Travail encadré par Karine CHALVET-MONFRAY (UMR EPIA), Christophe Déprés (UMR Territoires) et Serge Morand (HealthDEEP, CNRS, Kasetsart University, Mahidol University, Bangkok, Thailand).
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29 septembre 2025

Rédaction : EPIA-COM

Stage

Notre Unité propose un stage de Master 2 (bio-informatique moléculaire, génomique, écologie et évolution) pour travailler sur l'étude de la diversité génétique des bactéries Borrelia (bactérie responsable de la maladie de Lyme) présentes dans les tiques collectées dans la vallée d’Aspe selon l’altitude et les saisons. Date limite pour postuler : 31/10/2025

Hélène Lirot (doctorante UMR EPIA) et Nolwenn Blache (doctorante UMR Territoires et UMR EPIA) ont participé du 7 au 11 juillet 2025 à Nancy à la conférence EIR-A d’Agreenium. A cette occasion, elles ont présenté leur mobilité internationale.

Dans le cadre de l’appel à projets PEPR PREZODE de France 2030 pilotés par l’ANR, nous sommes heureux de vous annoncer que le projet ZOLA (Réduction des risques zoonotiques dans les marchés d’animaux vivants : vers des interventions structurelles) porté par Guillaume Fournié de l’UMR EPIA a été accepté. Ce projet réunit des partenaires de l’UMR ASTRE (INRAE-CIRAD), UMR IHAP (INRAE-ENVT), UMR G-EAU (INRAE-IRD-CIRAD-AgroParisTech-Agro Montpellier-BRGM), ainsi que de la Vietnam National University of Agriculture et du National Institute for Veterinary Research au Vietnam, du Bangladesh Livestock Research Institute et de la Chattogram Veterinary and Animal Sciences University au Bangladesh.

Notre UMR développe différents projets en IA appliqués à l'épidémiologie et au suivi des maladies. Jocelyn DE GOËR, Ph.D et ses collègues ont par exemple exploré l'utilisation des avis d'experts pour améliorer un modèle de deep learning destiné à diagnostiquer la maladie de Lyme à partir de données de patients. Les chercheurs ont recueilli l’expertise de quinze dermatologues sur les caractéristiques des lésions cutanées de l'érythème migrant, un symptôme précoce de la maladie de Lyme. Ces avis d’experts ont été convertis en scores de probabilité pour renforcer la précision du modèle de deep learning, rendant ainsi le diagnostic plus fiable. Cette méthodologie pourrait être adaptée à d'autres pathologies présentant des défis de diagnostic similaires. Au delà, l'IA peut permettre de développer de puissants outils de surveillance des maladies.

UMR EPIA - EPIdémiologie des maladies Animales et zoonotiques

L’Unité Mixte de Recherche Épidémiologie des maladies animales et zoonotiques (UMR0346 - EPIA) est une UMR INRAE-VetAgro Sup.

Pour prévenir les risques infectieux associés aux changements globaux et favoriser la transition agro-écologique, l’unité étudie, dans les populations animales l’épidémiologie de maladies infectieuses, dont certaines sont transmissibles à l’homme. L’originalité de l’unité est de pouvoir croiser épidémiologie, biologie, écologie et évolution dans une approche intégrée, faisant appel à la modélisation et à l’intelligence artificielle.

L’unité est localisée sur deux sites, l’un sur le Centre INRAE à Theix, l’autre sur le campus vétérinaire de VetAgro Sup à Marcy l’Étoile près de Lyon. 

Les recherches de l’UMR portent sur des agents pathogènes et des maladies présentant un intérêt en termes de santé animale ou de santé publique (zoonoses). Elles concernent à la fois des maladies à transmission directe (grippes aviaires, fièvre Q, leptospiroses, Diarrhée Virale Bovine (BVD)…) et des maladies vectorielles (maladie de Lyme, encéphalite à tique (TBE), anaplasmose granulocytaire, fièvre catarrhale ovine). L’UMR travaille également sur l’évolution de la résistance des bactéries aux antibiotiques.